Роженският манастир е втората по големина обител в Пиринска Македония след Рилския манастир и е един от няколкото средновековни български манастира, сравнително добре запазени и до днес. Според източници, пазени в Атон, Гърция, той е създаден през 890 г. 

Църквата на манастира – Свето Рождество Богородично, впоследствие дава името си на близкото село Рожен. По време на Деспот Алексий Слав, местен владетел при царуването на Цар Калоян (1197-1207) и неговия племенник, манастирът е обогатен с няколко нови сгради. През 17 век бива опожарен, но е възстановен в началото на 18 век с финансовата помощ на богати българи от цялата страна. Реконструкцията започва през 1715 г., а църквата е изцяло завършена през 1732 г. Манастирът достига своя апогей през 19 век, когато служи като регионален духовен център и притежава много земи в околната местност.  

Българският революционер Яне Сандански е свързан с историята на манастира. Той със свои съратници участва в освобождението на българска Македония. Край манастира е и гробът му.  

В манастира е сниман игралният филм Време разделно  

Част е от Стоте национални туристически обекта.