Хилядолетия назад Перперикон е приютявал различни поколения, оставили отпечатък върху скалите. Според данни от последните археологически проучвания най-ранните следи от живот са от късната новокаменна епоха, края на VI - началото на V в. пр. Хр. Името, според проф. Александър Фол, е от бога на камъка Пер. Следващият установен исторически период е каменно - медната епоха, енеолита, и по-точно нейният финал в края на V и началото на IV в. пр. Хр. От това време вече със сигурност може да се определят грубо изсечени в скалите ями с натрошена култова керамика. Развитието на скалния комплекс продължава и през бронзовата епоха. Вече определено може да се твърди, че в нейната късна фаза, XVIII - XII в. пр. Хр., Перперикон преживява първия си голям разцвет. Това е епохата на крито - микенската цивилизация, на Троя и Микена. През XIII - XIV в. от н.е. крепостта е областен център и епископско средище във Византия. След 1346 г. крепостите в Източните Родопи са унищожени и повече не се възстановяват.
Многобройните находки дават основание да се изкаже хипотезата, че точно на Перперикон се е намирало търсеното от цяло столетие прочуто в античността прорицалище на бог Дионис. Върху специален олтар се извършвал винено - огнен обряд и според височината на пламъците се съдело за силата на предсказанието. Едно от главните сведения, визиращо родопското светилище на Дионис е на римския историк Светоний Транквил. В съчинението си "Животът на дванадесетте цезари“ той описва прорицанието, дадено на бащата на първия римски император Октавиан Август, че синът му ще бъде господар на целия свят, като знамението за това били високо лумнали пламъци при принасянето на жертва върху олтара. При описанието на похода на Ксеркс срещу елините през 480 г. пр.Хр. Херодот също споменава за прорицалището на Дионис, което "...се намирало на висок връх в планината. С прорицанията в светилището се занимавали бесите; жрица давала предсказания точно както в Делфи, няма нищо различно". Херодот никога не е посещавал вътрешността на Тракия и често дава неточни географски обозначения. В случая той отбелязва, че храмът се намирал зад заснежените планини и на висок връх. Оттук в съвременната наука заляга становището, че светилището е било във високите дялове на Западните Родопи. Малцина се бяха замисляли върху факта, че от Бяло море се вижда високия хребет на Южните Родопи - т.нар. Гюмюрджински Снежник. Зад него са ниските и удобни за живот части на Средните и Източните Родопи, наситени с много богати археологически паметници от различни епохи. А сред тях несъмнено изпъква свещения скален град Перперикон, най-големият мегалит на Балканите и в Европа.
Римската епоха е епоха на разцвет за Перперикон, който обаче завършва с нашествията на готите, разорили градове и села във втората половина на XIV в. Археологическите проучвания показаха, че тогава Перперикон е бил превзет и изгорен. Но градът възкръсва още в V - VI в. сл. Хр. Византия преживяла съдбоносна война с варварите укрепва и постепенно започва да възстановява границите на Римската империя. При император Юстиниан Велики (527-565) почти са достигнати старите предели. Същият василевс извършва колосално строителство, възобновявайки и преизграждайки древните градове и твърдини. Крепостните стени на Перперикон са отремонтирани, а са построени и нови, подсилващи защитата на Акропола от уязвимата западна посока. Отново функционира инфраструктурата на селището. Налага отпечатък и утвърдилото се след V в. християнство. Базиликата в Акропола е преустроена в църква, като от изток е добавена необходимата апсида. Християнски храмове се издигат и в околностите на Перперикон.
От север и югоизток нахлуват други нашественици - славяните и арабите. Територията на империята отново рязко се съкращава, като е застрашено дори съществуването и. Навсякъде се шири упадък и запустение. Към началото на 7 в. току-що изградената мощна фортификационна система е буквално изоставена.
Тази съдба не убягва и Перперикон. Животът в града не изчезва, но съществуващото тогава селище е бледо подобие на миналото величие. Свещените скали обаче стават място за поклонение на друг народ. През 7 в. прабългарите на вожда Кубер са заселени от императора в околностите на Солун. Подобно на траките, в религията на прабългарите обожествяването на скалите играе важна роля. Племето на вожда Кубер е оставило по южните склонове на Родопите няколко находища от рисунки-графити, които са много близки до откритите в Североизточна България изображения. Точно към тях спадат и намерените графити от Перперикон. Всички те са с култов характер - символичната игра "дама" и ритуално изобразяване на женски полови органи. Последните вероятно са свързани с култа към тюркската богиня на плодородието Умай, чиито образ е изпълнен с остър предмет в най-високата част на Перперикон.
Със стабилизацията на Византия през IX в. активната дейност се премества в подножието на Перперикон, където тогава се е намирал областният център на Източните Родопи. Крепостта добива отново важно значение през XIII - XIV в., когато се създава новата административна единица Ахридос. А през 1339 г. в писмо на Вселенската патриаршия той е обозначен като епископски център, очевидно отделил се от старата епископска катедра Ахридос.
Данните от археологическите разкопки показват, че през XIII - XIV в. животът в крепостта Перперикон е бил интензивен. Той няма блясъка на античността, но показва важността на средновековния център. Върху останките на късноантичния храм в Акропола е построена нова църква, вече изцяло изградена от ломени камъни, споени със здрав бял хоросан. Наоколо се оформя обширен некропол, даващ представа за значителния брой на населението.
Развиват се и квартали с полуземлянки и частично използване на старите улици. Открива се много керамика, предмети и монети, като особено интересни са изключително редките за този район сребърни монети на цар Иван Александър, регистриращи неговата кратка власт в Перперикон през 1343 г.. Гражданската война от 1341 - 1346 г. унищожава крепостите в Източните Родопи и те повече не се възстановяват. Очевидно такава е била и съдбата на Перперикон. Но, според открит турски регистър от 1626 / 1627 г., населението в селищата под Перперикон продължава да бъде християнско. Засилената мюсюлманска колонизация след XVIII в. променя коренно етническия облик
С Перперикон се свързва името на бог Дионисий, за който има следната легенда: „Някога, когато боговете още живели сред хората, Зевс се влюбва в красивата Семела. Венец на тяхната любов става малкият Дионисий. След като Гръмовержецът вшива в бедрото си детето, то се ражда красиво и най-весело сред останалите богове. Обкръжен от многочислена свита сатири с кози копита и от прекрасни менади, Дионисий скита по Земята и учи хората да отглеждат грозде, правейки от него благоуханно и замайващо главата вино.” Така по-късно се появяват празниците в негова чест: т. нар. орфическите мистерии, които се правели само от посветени, а това били единствено неженени мъже. Те били наричани а-бии т.е. не-жизнени, защото не водели нормален и обикновен живот. Тайнствата ставали в затворени общества и скрити места, недостъпни за погледа на останалите хора - скали и пещери, с каквито изобилстват Източните Родопи, Странджа и Сакар. Те били придружени с хорови песни и мимически игри. Кулминация представлява символичната смърт на царя-жрец, отъждествявана с разкъсването на Дионисий от титаните, и също символичното зачатие на богинята-майка, даващо началото на живота. Първата се осъществявала чрез кръвната жертва на бик, кон, козел, а понякога и хора. Зачатието пък се реализирало с масово съвкупление на мъже и жени. По-късно орфическите тайнства се олицетворяват от разюзданите вакханалии в чест на бога на виното и веселието Дионисий
